内蒙古基督教两会为缓解东部区教牧人员匮乏，羊多牧少的局面，于2003年向全国基督教两会申请“那打素基金”款项130万元，建立基督教东部区教牧基地。2004年4月经内蒙古自治区人民政府宗教事务局 内宗字[2006]4号文件“关于同意内蒙古基督教乌兰浩特市教牧培训中心挂牌的批复”培训中心开课并注册。根据地方规范管理要求，经内蒙古自治区宗教事务局批准，于2021年12月16日原内蒙古基督教乌兰浩特市教牧培训中心变更为内蒙古基督教东部区教牧培训中心。

该培训中心隶属于自治区基督教两会，由当地宗教部门管理。主要任务是对我区呼伦贝尔市、兴安盟、通辽市、赤峰市等地区的基督教会教牧人员进行再培训。

开课时间为每年春秋两季农闲季节。每学期为两个月。

培养在政治上拥护中国共产党的领导，热爱祖国，遵守中国教会三自原则，坚持基督教中国化方向，践行社会主义核心价值观，信仰清楚、品德优秀、身心健康、真道上能带领信徒，灵命上供应教会的时代工人。

截止2019.11月培训中心毕业生253人，结业生137人，在读生70人。因疫情停课2019.11-2021.11。

接下来培训中心将对完成两年制（四个学期八个月）学业的结业生，进行分期分批轮续进修，将完成八个学期十六个月课时的学员可获得毕业证书（两年制学历）。根据中国基督教神学教育方针，按照内蒙古基督教两会办学要求，加强培训中心管理，提高教学水平，对全区（东北地区）各地教会教牧同工续进培训，同时计划在师资条件具备情况下开设蒙语授课，为各地基层教会作好服务。